PCR擴增檢驗實驗室原則上分為三個單獨的工作區域：試劑貯存和準備區、標本制備區、擴增和擴增產物分析區。為避免交叉污染，進入各個工作區域必須嚴格遵循單一方向進行，即只能從試劑貯存和準備區→標本制備區→擴增和擴增產物分析區。各實驗區之間的試劑及樣品傳遞應通過傳遞窗進行。

PCR實驗室并沒有嚴格的凈化等級要求，但是為避免各個實驗區域間交叉污染的可能性，宜采用全送全排的氣流組織形式。也考慮到實驗人員的人體舒適性，環境溫濕度的設計參數控制在表1所示的范圍內。同時，要嚴格控制送、排風的比例以保證各實驗區的壓力要求。

工作區域的嚴格劃分：各個實驗區域設置合理；各個實驗區域要有明顯的標記（如醒目的門牌或不同的地面顏色等），以避免各個不同實驗區域設備物品、試劑等發生混淆。

合理的系統設置：合理的空調通風系統設置，盡量采用全送全排的空調系統；嚴格的氣流壓力控制，保證不同的實驗區內不同的壓力要求。

規范的操作：擴增檢驗實驗室的技術人員必須進行上崗培訓，經培訓合格后才能從事臨床基因擴增檢驗的工作；在實驗操作過程中，操作者必須戴手套，并經常更換。此外，操作中使用一次性帽子也是一個有效地防止污染的措施；清潔工作及時、正確。實驗工作結束后，必須立即對本區進行清潔。除常規的消毒液體對表面進行擦拭消毒或紫外線燈的照射消毒外，對一些實驗設備還應進行高壓消毒處理。

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